츠루가죠의 내부는 지상5층・지하1층의 구조로 되어 있습니다. 허물어지기 전에도 이와 같은 구조였으리라 생각됩니다.
현재 지상 1층～3층까지는 박물관으로 되어 있습니다.
츠루가죠의 지하는 주로 소금 등을 저장하는 식량고로써 사용되고 있었습니다. 그것은 아이즈가 산으로 둘러싸인 곳이어서 소금이 부족하였기 때문입니다. 현재는 식량고를 이미지화할 수 있도록 전시가 되어 있습니다

1층에서는 아이즈를 다스렸던 영주와 아이즈 전체를 소개하고 있습니다.
2층에서는 에도시대의 아이즈 서민의 생활과 아이즈 전통공예품 등을 소개하고 있습니다.
이 층에서는 일본의 키모노를 간단히 시착해 볼 수 있습니다. (여성만)
3층에서는 무사(사무라이)와 메이지정부군과의 전쟁(보신전쟁)을 소개하고 있습니다