据说14世纪后期,御药园所在地涌出了能够治病的泉水。
　 1432年统治会津藩主苇名盛久认为这是一块宝地，就在此建造了自己的别墅，这就是御药园的由来。此后，日本进入了战国时代，统治会津的藩主也不断由伊达、蒲生、上杉、加藤相继更替。再加上长期战乱的原因，御药园一直以来未被使用。
直到17世纪前期，统治了会津的松平藩主复兴了这块宝地，将其作为疗养所来使用。
　1670年松平藩主为了预防疾病、使会津的人们远离病魔的折磨，开始在御药园里种植各种草药。此后又试种朝鲜人参，并取得了成功，以此为锲机他在会津域 内广泛推广人参的栽培产业。其结果使会津的朝鲜人参成了日本最初可以出口到中国等国的农作物。除此之外，他还极力鼓励推行对草药的药效研究事业。